Dołącz do zespołu RecyclePlant!

Konkurs na stanowisko doktoranta w projekcie NCN OPUS 30

Tytuł projektu: Cytoplazmatyczne ciałka P jako zaprogramowane rozwojowo ośrodki koordynujące los mRNA podczas mejozy u roślin (nr projektu UMO-2025/59/B/NZ3/03225)

Jednostka: Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu, Wydział Nauk Biologicznych i Weterynaryjnych, Instytut Biologii, Katedra Biologii Komórkowej i Molekularnej.

Kierownik projektu: Dyrektor Instytutu Biologii dr hab. Dariusz Jan Smoliński, prof. UMK

Kształcenie: Szkoła Doktorska Nauk Ścisłych i Przyrodniczych UMK (Academia Scientiarum Thoruniensis), dyscyplina nauki biologiczne, rekrutacja w trybie grantowym.

Czas trwania projektu: 48 miesięcy (2026 do 2030). Doktorant będzie uczestniczyć w realizacji zadań badawczych przez cały okres trwania projektu.

OGŁOSZENIE: Doktorant/ka (RIP-seq, smFISH/MERFISH, dynamika RNA)

Stanowisko: Czasoprzestrzenna dynamika RNA i selektywna rekrutacja mRNA do ciałek P (stypendium doktoranckie NCN)

Temat rozprawy doktorskiej: „Selektywna rekrutacja mRNA do rozwojowo zaprogramowanych ciałek P w komórkach mejotycznych roślin” (Selective recruitment of mRNAs to developmentally programmed P-bodies in plant meiotic cells)

Informacje organizacyjne

• Termin składania ofert: nabór ciągły, bez terminu końcowego (ogłoszenie pozostaje aktualne do czasu obsadzenia stanowiska).
• Forma składania ofert: e-mail: darsmol@umk.pl (w tytule wiadomości prosimy wpisać „OPUS 30, doktorant”).
• Planowany termin rozpoczęcia: do uzgodnienia, po zakończeniu rekrutacji do Szkoły Doktorskiej (rekrutacja w trybie grantowym).
• Opiekun naukowy: Dariusz Jan Smoliński |   ResearchGate   |   LinkedIn
• Promotor pomocniczy: dr Agnieszka Kołowerzo-Lubnau (biologia molekularna, RIP-seq, proteomika).

O projekcie i roli doktoranta

Cytoplazmatyczne ciałka P uznawano dotąd głównie za miejsca dekapingu i degradacji mRNA uruchamiane w odpowiedzi na stres. W mikrosporocytach modrzewia europejskiego (Larix decidua) ciałka P zawierające białko DCP5 pojawiają się, namnażają i znikają według ściśle określonego harmonogramu rozwojowego, w rytmie pięcioetapowego cyklu poly(A) RNA, który rozpoczyna się jądrową retencją mRNA w ciałach Cajala. Twoim zadaniem będzie ustalenie, które transkrypty trafiają do tych zaprogramowanych rozwojowo ciałek P i co decyduje o tej selektywności. Celem doktoratu jest „kod degradacji”: model przewidujący, które mRNA zostaną skierowane do ciałek P.

W tym projekcie nie tylko wykonujesz protokoły, stajesz się „detektywem” losów mRNA:

• Zbudujesz atlas „klientów” ciałek P: Metodą RIP-seq, z białkami rdzenia kompleksu dekapingu (DCP5, DCP2, EDC4/VCS, XRN4) jako przynętami, wyłowisz transkrypty rekrutowane do ciałek P na kolejnych etapach mejozy.
• Złamiesz kod degradacji: Razem z bioinformatykami odszukasz w rejonach 3′ UTR motywy sekwencyjne i elementy strukturalne, które odróżniają transkrypty kierowane do ciałek P od pozostałych (MEME-Suite, RNAfold).
• Zobaczysz pojedyncze cząsteczki: Dzięki sondom smFISH, wielokrotnej hybrydyzacji MERFISH (100-plex) oraz mikroskopii konfokalnej i superrozdzielczej STED potwierdzisz lokalizację kandydatów in situ i zmierzysz, jaka część każdego transkryptu trafia do ciałek P.
• Prześledzisz podróż mRNA na żywo: Mikroiniekowane sondy typu molecular beacon i obrazowanie żywych komórek pozwolą Ci powiązać moment eksportu transkryptu z jądra z jego rekrutacją do ciałek P, a znakowanie EU (pulse-chase) wskaże drogę mRNA z ciał Cajala do ciałek P.
• Sprawdzisz uniwersalność mechanizmu: Mutanty Arabidopsis dcp5/vcs, reportery DCP5-GFP oraz transkrypty reporterowe ze zmutowanymi motywami posłużą jako genetyczny test krzyżowy.

Dlaczego to stanowisko jest wyjątkowe?

• Unikalny model: U modrzewia profaza mejotyczna trwa około pięciu miesięcy, a duże (50 do 80 µm), naturalnie zsynchronizowane mikrosporocyty dają ponad trzydzieści precyzyjnie określonych punktów próbkowania, bez stresu i chemicznej synchronizacji.
• Technologie „z górnej półki”: Nauczysz się RIP-seq i przygotowania bibliotek NGS, mikrodysekcji laserowej, smFISH/MERFISH, obrazowania konfokalnego i STED z ilościową analizą obrazu, mikroiniekcji i obrazowania żywych komórek oraz analizy danych transkryptomicznych.
• Wizualny aspekt nauki: Twoja praca będzie owocować spektakularnymi obrazami pojedynczych cząsteczek mRNA i kondensatów, które mają szansę trafić na okładki czasopism naukowych.
• Przyszłość zawodowa: Zdobędziesz kompetencje w biologii kondensatów RNA i regulacji potranskrypcyjnej, poszukiwane w biologii RNA, transkryptomice przestrzennej i zaawansowanym bioobrazowaniu.
• Realny mentoring: Pracujesz w zespole, który od dekady rozwija ten model badawczy (The Plant Cell 2022 i 2023, Plant Communications 2026), jako partner w dyskusji naukowej, a nie „para rąk do pracy”.

Wymagania

• Tytuł magistra (lub status studenta ostatniego roku) z biologii, biotechnologii lub kierunku pokrewnego.
• Dobra znajomość biologii komórki, biochemii i biologii molekularnej.
• Doświadczenie w pracy z RNA (izolacja RNA, immunoprecypitacja RNA, przygotowanie bibliotek) oraz w mikroskopii fluorescencyjnej i analizie obrazu.
• Podstawy bioinformatyki (R lub Python) mile widziane.
• Dobra znajomość języka angielskiego, umiejętność pracy w zespole, motywacja, elastyczność i krytyczne myślenie.

Warunki stypendium

• Okres finansowania: 48 miesięcy (stypendium doktoranckie finansowane ze środków projektu NCN OPUS 30, przez cały okres kształcenia w szkole doktorskiej).
• Wysokość stypendium: 6 500 zł miesięcznie (kwota brutto brutto zaplanowana w kosztorysie projektu, obejmująca stypendium oraz składki na ubezpieczenia społeczne finansowane przez uczelnię), jednakowa przed oceną śródokresową i po niej. Jest to maksymalna stawka stypendium doktoranckiego dopuszczona w konkursie OPUS 30.
• Miejsce kształcenia: Szkoła Doktorska Nauk Ścisłych i Przyrodniczych UMK (Academia Scientiarum Thoruniensis), dyscyplina nauki biologiczne.
• Infrastruktura: mikroskop STED Abberior FACILITY Line (RayShape STED, Timebow FLIM), mikroskopy konfokalne Leica SP8 i Olympus FV3000, mikrodysektor laserowy, platforma sekwencjonowania Nanopore oraz nowa platforma MERFISH kupowana w ramach projektu.
• Zespół projektu: dr hab. Dariusz Jan Smoliński, prof. UMK (kierownik), dr Agnieszka Kołowerzo-Lubnau, dr Karolina Majewska, mgr Michał Świdziński (UMK), prof. Michał Szcześniak (UAM Poznań), prof. Szymon Świeżewski (IBB PAN Warszawa) oraz post-doc (MERFISH, w trakcie rekrutacji). Strona zespołu.

Wymagane dokumenty

1. List motywacyjny.
2. CV z informacją o dorobku naukowym.
3. Kopia dyplomu magisterskiego (lub zaświadczenie o planowanym terminie obrony).
4. Zgoda na przetwarzanie danych osobowych do celów rekrutacji.

Dokumenty prosimy przesyłać na adres darsmol@umk.pl. Nabór prowadzony jest w sposób ciągły, do czasu obsadzenia stanowiska. Wybrani kandydaci zostaną zaproszeni na rozmowę kwalifikacyjną, a następnie wezmą udział w rekrutacji do Szkoły Doktorskiej Nauk Ścisłych i Przyrodniczych UMK w trybie grantowym.

Plakat rekrutacyjny

Dane osobowe przetwarzane są na potrzeby procesu rekrutacji zgodnie z RODO (art. 6 ust. 1 lit. a). Podanie danych jest dobrowolne, lecz niezbędne do uczestnictwa w rekrutacji.