Odkryj tajemnice jądrowej retencji RNA – dołącz do przełomowych badań w projekcie RetainPlant na UMK!

Dołącz do zespołu RetainPlant!

Konkurs na stanowiska doktorantów w projekcie NCN OPUS-29

Tytuł projektu: Ciała Cajala jako jądrowe centra selektywnej retencji mRNA w komórkach roślinnych

Jednostka: Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu, Wydział Nauk Biologicznych i Weterynaryjnych, Instytut Biologii, Katedra Biologii Komórkowej i Molekularnej.

Kierownik projektu: Dyrektor Instytutu Biologii dr hab. Dariusz Jan Smoliński, prof. UMK

Więcej Informacji

OGŁOSZENIE 1: Doktorant/ka (RIP‑seq, dynamika RNA)

Stanowisko 1: Transkryptomika, dynamika RNA, RIP‑seq

 Informacje organizacyjne

• Termin składania ofert:  25.03.2026
• Forma składania ofert: Email: darsmol@umk.pl
• Planowany termin rozpoczęcia: 20.04.2026 (do doprecyzowania)
• Opiekun: Dariusz Jan Smoliński   |   ResearchGate   |  Linkedin

O projekcie i roli doktoranta

Projekt bada, jak jądrowe kondensaty (ciała Cajala) magazynują i pod kontrolą uwalniają mRNA do cytoplazmy w mikrosporocytach modrzewia podczas profazy mejotycznej. Twoim zadaniem będzie budowa atlasu transkryptów zatrzymywanych w ciałach Cajala oraz identyfikacja białkowych „gatekeeperów”, które blokują eksport mRNA.

W tym projekcie nie tylko wykonujesz protokoły – stajesz się "kartografem" jądra komórkowego:

• Zbudujesz interaktywną mapę RNA: Wykorzystasz zaawansowaną technikę RIP-seq, aby "wyłowić" konkretne cząsteczki RNA, które gromadzą się w ciałach Cajala – jądrowych biokondensatach molekularnych. Dowiesz się, z jakimi białkami (takimi jak coilina) wchodzą w sojusze.
• Zajrzysz głębiej niż inni: Dzięki mikroskopii super-rozdzielczej (STED) i konfokalnej zobaczysz struktury, które dla zwykłych mikroskopów są tylko rozmytymi plamkami. Będziesz obserwować taniec cząsteczek RNA w czasie rzeczywistym.
• Zastosujesz "molekularne latarki": Używając sond smFISH, sprawisz, że pojedyncze nici RNA rozbłysną wewnątrz komórki, co pozwoli Ci śledzić ich drogę z jądra do cytoplazmy z niesamowitą precyzją.
• Połączysz światy (Bio-Data Bridge): Twoje odkrycia z laboratorium staną się paliwem dla potężnych analiz bioinformatycznych. Będziesz współpracować przy integracji danych z technik iCLIP i MERFISH, tworząc spójny obraz tego, jak komórka decyduje, które RNA wysłać do pracy, a które zatrzymać "na później".

Dlaczego to stanowisko jest wyjątkowe?

• Dostęp do technologii "z górnej półki": Nauczysz się metod (jak MERFISH czy STED), które są rzadkością w standardowych laboratoriach, a stanowią absolutny szczyt nowoczesnej biologii komórki.
• Wizualny aspekt nauki: Twoja praca będzie owocować spektakularnymi obrazami mikroświata, które mają szansę trafić na okładki prestiżowych czasopism naukowych.
• Realny wpływ: Twoje badania pomogą zrozumieć, jak rośliny zarządzają swoją genetyczną informacją podczas mejozy.

Wymagania

• Tytuł magistra (lub status studenta ostatniego roku) z biologii, biotechnologii, biochemii lub pokrewnych.
• Dobra znajomość biologii komórki i molekularnej.
• Doświadczenie w pracy z RNA i/lub mikroskopią fluorescencyjną mile widziane.
• Gotowość do nauki metod sekwencjonowania oraz podstaw bioinformatyki.
• Dobra znajomość języka angielskiego, motywacja i umiejętność pracy zespołowej.

OGŁOSZENIE 2: Doktorant/ka (polyA, translacja, STED)

Stanowisko 2: Ogony polyA, translacja, nanoRibo‑seq

Informacje organizacyjne

• Termin składania ofert: ... 25.03.2026
• Forma składania ofert: Email: darsmol@umk.pl
• Planowany termin rozpoczęcia: 01.09.2026 (do doprecyzowania)

• Opiekun: Dariusz Jan Smoliński   |   ResearchGate   |  Linkedin

O projekcie i roli doktoranta

Analizujemy jądrową retencję mRNA jako mechanizm „buforowania” transkryptów przed translacją. Twoim celem będzie zbadanie, czy mRNA uwalniane z ciał Cajala trafia na polisomy szybciej niż transkrypty eksportowane na bieżąco, wykorzystując analizy ogonów polyA oraz nanoRibo‑seq.

Zakres zadań

Zamiast żmudnych analiz, oferujemy Ci udział w biologicznym śledztwie, w którym:

• Złamiesz kod jądrowego magazynu: Będziesz badać "paszporty" cząsteczek mRNA (ogony polyA), aby dowiedzieć się, dlaczego niektóre z nich zostają w jądrze, a inne ruszają w podróż do cytoplazmy.

• Będziesz analizować długości ogonów polyA w transkryptach jądrowych i cytoplazmatycznych (poly(A)‑tail‑seq, Nanopore).

• Odkryjesz "biologiczną logistykę": Wykorzystasz techniki nanoRibo-seq, by zobaczyć, jak komórka zarządza swoimi zasobami i czy potrafi błyskawicznie uruchomić produkcję białek w sytuacjach kryzysowych.
• Staniesz się częścią interdyscyplinarnego teamu: Twoje odkrycia mokre (laboratorium) połączysz z nowoczesną bioinformatyką, tworząc spójną opowieść o życiu komórki.

Dlaczego warto wybrać ten projekt?

• Praca na "froncie" nauki: Nie powielasz schematów – odkrywasz mechanizmy, których nikt wcześniej nie opisał.
• Unikalne know-how: Nauczymy Cię obsługi sprzętu i metod, które są obecnie "hot topics" w światowej biotechnologii i w super-rozdzielczym obrazowaniu.
• Realny mentoring: Nie będziesz tylko "parą rąk do pracy", ale partnerem w dyskusji naukowej.

Wymagania

• Tytuł magistra (lub status studenta ostatniego roku) z biologii, biotechnologii, biochemii, biofizyki lub pokrewnych.
• Dobra znajomość biologii komórki i molekularnej.
• Doświadczenie w pracy z RNA i/lub mikroskopią fluorescencyjną.mile widziane.
• Gotowość do nauki metod sekwencjonowania oraz podstaw bioinformatyki.
• Dobra znajomość języka angielskiego i silna motywacja naukowa.

Warunki stypendium (dotyczy obu stanowisk)

• Okres finansowania: 48 miesięcy (stypendium NCN).
• Wysokość stypendium:
• 5 000 PLN brutto (pierwsze 24 miesiące).
• 6 500 PLN brutto (kolejne 24 miesiące, po pozytywnej ocenie śródokresowej).
• Miejsce kształcenia: Szkoła Doktorska Nauk Ścisłych i Przyrodniczych UMK (Academia Scientiarum Thoruniensis).

Wymagane dokumenty

1. List motywacyjny.
2. CV
3. Kopia dyplomu magisterskiego (lub zaświadczenie o planowanym terminie obrony).
4. Zgoda na przetwarzanie danych osobowych do celów rekrutacji.